Video: ¿Cómo se ensamblan los contigs en andamios?
2024 Autor: Miles Stephen | [email protected]. Última modificación: 2023-12-15 23:35
Al crear un borrador del genoma, las lecturas individuales de ADN son primero ensamblado en contigs , que, por la naturaleza de su montaje , tienen espacios entre ellos. El siguiente paso es para luego cierra las brechas entre estos contigs a crear un andamio . Esto se puede hacer usando mapeo óptico o secuenciación de pares de parejas.
De manera similar, puede preguntar, ¿qué son contigs y andamios?
A andamio es una parte de la secuencia del genoma reconstruida a partir de clones de escopeta de genoma completo secuenciados al final. Andamios Está compuesto de contigs y lagunas. A contig es una longitud contigua de secuencia genómica en la que el orden de las bases se conoce con un alto nivel de confianza. En algunos casos, andamios puede superponerse.
Además, ¿qué es contigs en bioinformática? A contig (de contiguo) es un conjunto de segmentos de ADN superpuestos que juntos representan una región de consenso de ADN. Contigs Por tanto, puede referirse tanto a la secuencia de ADN superpuesta como a los segmentos físicos superpuestos (fragmentos) contenidos en los clones, dependiendo del contexto.
En este sentido, ¿cómo se ensamblan los contigs?
El conjunto de la secuencia de ADN superpuesta de fragmentos de ADN se conoce como contig . Contig El mapeo es un proceso por el cual los clones superpuestos son ensamblado secuenciar esa superposición. Esto implica organizar el contigs en orden y orientación. Clon contigs puede ser automáticamente ensamblado utilizando sus secuencias BAC-end.
¿Por qué son importantes los contigs?
Contig la asamblea es un importante paso en el ensamblaje del genoma. Para el mapeo, los clones superpuestos se ensamblan para secuenciar que se superponen. Cada fragmento se clona en un vector y se secuencia desde ambos extremos para producir una longitud de secuencia de aproximadamente 600 a 700 pb. La secuencia de ambos extremos del fragmento de ADN se denomina extremo de par.
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